El sitio arqueológico Huaycán de Cieneguilla, se ubica en la margen izquierda del valle del río Lurín, al pie de una quebrada lateral también denominada Huaycán entre los 400 y 500 msnm. El área arqueológica limita por el norte con el Centro Poblado Rural Autogestionario Huaycán de Cieneguilla, por el sur con el fondo de la quebrada Huaycán, por el este con las estribaciones del Cerro Señal Perdida, y por el oeste con la Asociación Las Terrazas de Cieneguilla así como con parte de las estribaciones del cerro Mal Paso.