La mayor parte del cerro Aypate está cubierto por la tupida vegetación del húmedo bosque de neblina, la cual concentra y produce el elemento más valioso para los pueblos andinos: el agua. El asentamiento Inca de Aypate se construyó sobre el cerro que forma parte de una cadena montañosa de la que nacen pequeñas quebradas que alimentan las subcuencas de los ríos Quiroz y Macará, que a su vez integran la cuenca del Chira.