La documentación sobre el periodo de transición pretoledana inca-colonial es exigua. En los estudios arqueológicos, los esfuerzos más continuos han sido los desarrollados por Steven Wernke, quien viene trabajando desde 1997, con algunas intermitencias, en el valle del Colca, Arequipa. En este valle, Wernke observa una serie de modificaciones en los patrones de asentamiento desde el intermedio tardío hasta la época colonial temprana.